Η ανάγκη για ολοκληρωμένη διαχείριση των διασυνοριακών λεκανών απορροής και των φυσικών πόρων στο πλαίσιο της αειφόρου ανάπτυξης, μέσω καινοτόμων εφαρμογών και αποτελεσματικότερων μηχανισμών διακυβέρνησης, αποτέλεσε το εφαλτήριο για την ίδρυση του Διαβαλκανικού Κέντρου Περιβάλλοντος (ΔΚΠ) ως ενός ευέλικτου φορέα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα με διεθνή δράση. Συγκεκριμένα, το Διαβαλκανικό Κέντρο Περιβάλλοντος εστίασε στην εφαρμογή της μεταφοράς τεχνογνωσίας από την ακαδημαϊκή/ερευνητική κοινότητα στην κοινωνία, μέσω των θεσμοθετημένων επιπέδων διοίκησής της.

Έτσι, στις 30 Ιουλίου 2007 συστάθηκε από το Περιφερειακό Ταμείο Ανάπτυξης Κεντρικής Μακεδονίας, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (Επιτροπή Ερευνών) και το Δήμο Λαγκαδά στο πλαίσιο του έργου «Ίδρυση του Διαβαλκανικού Κέντρου Περιβάλλοντος» (ΔΚΠ), με πόρους από το χρηματοδοτικό μέσο INTERREG III / A, INTERREG III / B .

Στο πλαίσιο της 2^ης  Γενικής Συνέλευσης (2 Φεβρουαρίου 2009), έγινε διεύρυνση του εταιρικού σχήματος με την προσθήκη του Περιφερειακού Ταμείου Ανάπτυξης Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης και του Δήμου Εχεδώρου (νυν Δήμος Δέλτα). Στο πλαίσιο της 4^ης Γενικής Συνέλευσης (15 Ιουνίου 2011) έγινε νέα διεύρυνση του εταιρικού σχήματος με την προσθήκη της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Μακεδονίας – Θράκης, ενώ στο πλαίσιο της 5ης Γενικής Συνέλευσης (25 Απριλίου 2013) έγινε νέα διεύρυνση του εταιρικού σχήματος με την προσθήκη της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Πελοποννήσου – Δυτικής Ελλάδας & Ιονίου, της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Αιγαίου, του Περιφερειακού Ταμείου Ανάπτυξης Δυτικής Μακεδονίας και του Δήμου Ωραιοκάστρου.